超级大部“家务事”多，部长监督和控制的难度加大

大部制改革会增加部门行政首长的管理幅度。由于管理幅度的扩大，分管领导也就是副部长和部长助理协调内设机构之间利益和权能冲突的难度也将越来越大，司局之间矛盾冲突的解决最终还是要依靠部长，这势必会增加部长的工作负荷，使其因忙于协调部内各司局之间关系，而忽视了与其它部门之间的交流与沟通，甚至会影响中央政府部门之间的协调，也就是部际协调，从而导致以加强机构整合力度和实现中央政府一体化为目标的大部制改革宣告失败。

例如，英国1976年把交通工作从特大的环境事务部分出来，在一定程度上就是由于认为交通政策没有受到大臣的有效控制造成的。中国2008年的第一轮大部制改革以后，一些部委下设司局达数十个，部长监督和控制起来十分困难。

少了“上级压力”，部内协调的成本增加

大部制改革是将政府相同及相近的职能进行整合，归入一个部门管理，或将一些职能相近或相关的部门整合为一个较大的部门。一方面，超级大部内设机构过多将加剧条块分割和职能交叉重叠的现象。而另一方面被整合进超级大部的原有各部门，其本身就是在相关职能领域具有较大权能的部门，分部而治时的矛盾冲突不会因为合并进同一个部门而消失，部门内部司局之间或处室之间的利益和权能冲突甚至丝毫不亚于部际之间的冲突。所以，将部际冲突内部化，从另一种意义上只是将外部的协调成本转嫁到内部，并不意味着内部协调的成本一定比外部协调的成本低。

从2008年以后中央和地方大部门的运行来看，不少大部门的内部人、财、物和信息的协调甚至比合并前更加困难、成本更高。这不仅仅是因为办公地点的分离、人员的不熟悉、业务的不了解、合并中利益和权能重新分配中的不公平使部门间、人员间有怨气等造成的，更因为原先的部际协调还有国务院及其分管领导来协调，各部委对本部门的利益和权能不好过多的坚持的“上级压力”，而现在的大部门内部协调就少了这个“上级压力”。这对于新一轮大部制改革后的超级大部来讲是一个必须十分重视的棘手问题。